Die Omeriye-Moschee war im Mittelalter eine der Heiligen Maria geweihte Klosterkirche der Augustiner-Eremiten. Sie stammt aus dem 14. Jahrhundert und war während der Herrschaft des Hauses Lusignan über Zypern eine der drei größten Klosterkirchen der Stadt. Zu der ursprünglich sechs Hektar großen Klosteranlage gehörten Gärten, Obstplantagen, ein Weizen- und Gerstenfeld sowie eine Zuckerplantage.

Im Jahr 1571 wurde das Kloster von Lala Kara Mustafa Pascha, dem osmanischen Eroberer Zyperns, in eine Moschee umgewandelt, da er glaubte, dass die ursprüngliche Kirche an der Stelle errichtet wurde, an der der Kalif Omar einst bei seinem Besuch auf Zypern Rast machte. Durch osmanischen Artilleriebeschuss im Jahr 1570 wurde die ursprüngliche Kirche schwer beschädigt. Während des Wiederaufbaus der Kirche als Moschee wurde aus Grabsteinen der Lusignan-Epoche ein neuer Fußboden für die Gebetsstätte geschaffen.

An der östlichen Seite der Moschee können Besucher heute noch die Überreste eines spätvenezianischen Gebäudes erkennen.